低炭素建築物として認定を受けるためには、省エネルギー法に基づく省エネルギー基準と同等以上の断熱性能を確保することと、一次エネルギー消費量をさらに10％削減できる事、及び低炭素化に資する措置等のうち2項目以上を講じていることが必要になります。

低炭素化に資する措置等のうち2項目以上を講じていること

・節水に役立つ設備を採用（節水型水栓や節水型便器、食器洗浄機）
・雨水や井戸水を利用する設備を設置（雨水を貯水する）
・HEMSかBEMSを採用
・太陽光発電など（蓄電池を含む）
・ヒートアイランド対策（屋上に緑を植えるなど）
・劣化等級3
・木造住宅もしくは木造建築物
・高炉セメント（耐久性UP）等

低炭素住宅の申請は難しく感じるかもしれませんが、長期優良住宅よりも簡単に認定が受けられるようです。

※低炭素住宅の認定を受けると税制上の優遇処置が受けられるようになります。

・所得税・・・住宅ローン減税
・登録免許税が税率0.1％
・フラット35S金利Aプラン
・容積率の緩和（5％）

低炭素住宅と長期優良住宅のそれぞれについて確認申請を行い認定を受ける事は可能ですが、その場合税制優遇についてはいずれかの認定を選択して適用することになると思いますので事前に最寄の税務署か税理士へご相談ください。

長期優良住宅も同じですが、建築コストや認定を受けるためのコストが上がるのも事実です。また維持保全などのランニングコストもかかるます。
低炭素住宅を建てるコスト以上に恩恵が受けられるのであれば良いのですが、必ずしもそうではないという事を理解しておかなければいけません。